Wilhelm I lên nối ngôi sau khi vua anh qua đời vào năm 1861. Triều đình Wilhelm I thường xuyên mâu thuẫn với Nghị viện Phổ, nơi những người theo đường lối tự do dân chủ ngày càng chiếm ưu thế. Khủng hoảng bùng nổ vào năm 1862 khi Nghị viện từ chối thông qua ngân sách cho một chương trình tái tổ chức quân đội được nhà vua đề xuất. Cả hai bên đều không nhượng bộ. Nhà vua đe dọa thoái vị và tin rằng Bismarck là nhà chính trị duy nhất có thể chấm dứt cuộc khủng hoảng vào lúc đó, nhưng xuất hiện mâu thuẫn trong tư tưởng nhà vua về việc chỉ định một người đòi hỏi được quyền kiểm soát tuyệt đối với các vấn đề đối ngoại tham gia vào công việc đối nội. Dẫu vậy, cuối cùng, vào tháng 9 năm 1862, sau khi Nghị viện một lần nữa từ chối thông qua ngân sách quốc phòng với đa số phiếu, Wilhelm I đã bị Roon thuyết phục và gọi Bismarck trở về Phổ. Ngày 23 tháng 9 năm 1862, Wilhelm I chỉ định Bismarck làm Thủ tướng kiêm Ngoại trưởng Phổ. Mặc dù lúc đầu bị nhà vua và Thái tử nghi ngờ, bị Hoàng hậu ghét bỏ, Bismarck vẫn nhanh chóng tập trung được quyền lực trong tay nhờ cá tính và tài hùng biện của ông.

Bismarck thể hiện sự ủng hộ với nhà vua bằng cách kết thúc sự bế tắc trong vấn đề ngân sách quốc phòng theo hướng có lợi cho nhà vua, dù ông đã sử dụng đến biện pháp ở ngoài khuôn khổ luật pháp. Bismarck tuyên bố rằng do hiến pháp nước Phổ không giải quyết được trường hợp bất đồng giữa những nhà lập pháp và chính phủ cầm quyền, ông sẽ đơn giản sử dụng lại ngân sách đúng như năm trước.

Mâu thuẫn giữa Bismarck và nghị viện gia tăng trong những năm sau đó. Năm 1863, Nghị viện Phổ thông qua một đạo luật tuyên bố họ không thể làm việc với Bismarck nữa. Đó thực chất không khác gì một đề nghị yêu cầu nhà vua phải cách chức thủ tướng của mình. Đáp lại, Wilhelm I giải tán nghị viện và buộc tội các nghị viên đã tìm cách giành quyền kiểm soát phi hiến đối với hoạt động của triều đình. Bismarck sau đó ban hành một sắc lệnh hạn chế quyền tự do của báo chí. Sắc lệnh này thậm chí bị cả hoàng thái tử, người sau này sẽ trở thành hoàng đế Friedrich III, phản đối. Bất chấp nỗ lực ngăn chặn những kẻ chỉ trích, Bismarck là một chính trị gia bị số đông người Đức ghét bỏ. Những người ủng hộ ông chỉ giành được kết quả thiểu số trong cuộc bầu cử vào tháng 10 năm 1863 khi liên minh tự do dân chủ giành hai phần ba số ghế ở nghị viện. Nghị viện lại tiếp tục kêu gọi nhà vua cách chức Bismarck, nhưng nhà vua ủng hộ ông và sợ rằng nếu loại bỏ vị thủ tướng, một chính phủ dân chủ cũng sẽ xuất hiện và do đó, đe dọa đến ngai vàng của ông.